Esta investigación tiene como objetivo principal determinar la diversidad genética de la población de L. origanoides del Cañón del Chicamocha en el departamento de Santander, por medio de marcadores ISSR y del ADN del cloroplasto (cpADN) a diferentes escalas espaciales.

Lippia origanoides, Kunth, pertenece a la familia Verbenácea. Esta familia se caracteriza por la gran variabilidad de usos que presentan sus especies, algunas de las cuales son de gran aplicación en la farmacéutica, alimentos, textiles, química orgánica fina y, sobre todo, cosmética y perfumería dado  su alto contenido de aceites volátiles, de interés industrial. Así mismo, se ha demostrado que los aceites esenciales presentes en L. origanoides, poseen actividad antimicrobial contra Escherichia coli, Staphylococus aureus, Candida albicans y Candida tropicalis. Además, las hojas de L. origanoides son usadas como sustituto del orégano común. En Santander, L. origanoides posee una amplia distribución, en la región seca del Cañón del Río Chicamocha. Por su importancia, el Centro Nacional de Investigaciones para la Agroindustrialización de Especies Vegetales Aromáticas y Medicinales Tropicales (CENIVAM), se encuentra estudiando esta especie promisoria, entre otras, por la calidad de sus aceites esenciales, con el fin de brindar una alternativa económica al campesino colombiano. El primer paso para el eficiente aprovechamiento y conservación de los recursos fitogenéticos promisorios, es el conocimiento de su diversidad genética y cómo ésta se distribuye dentro y entre subpoblaciones. En el caso de L. origanoides se carece de esta clase de información.

De esta manera, se hará uso de marcadores genéticos altamente polimórficos, ya que constituyen una herramienta poderosa para inferir estructura genética. En el caso de las plantas, sus tres genomas pueden tener diferentes modos de transmisión y así, estos pueden revelar diferentes patrones de variación genética. De este modo, el uso de DNA cloroplástico (cpDNA) puede mostrar patrones de estructura, marcadamente diferentes, con respecto a marcadores derivados de genomas nucleares, ya que presenta una herencia uniparental. Por otro lado, existen varios tipos de marcadores moleculares de herencia biparental, como es el caso de los SSR (microsatellites). Sin embargo, su aislamiento es muy laborioso y costoso para especies poco estudiadas, como es el caso de L. origanoides. No obstante, los ISSR (intersimple sequence repeat) constituyen una técnica alternativa para estudiar los polimorfismos basados en la presencia de microsatélites dentro del genoma.