Estudios primarios y secundarios en Baranoa y en Barranquilla. Viajó a Bogotá a estudiar medicina en la Universidad Nacional, donde ocupó el primer puesto como interno en los años 1933 y 1934, en clínica médica y clínica quirúrgica. Su tesis titulada "Los desequilibrios neurovegetativos y los cuadros médicos del aparato digestivo", mereció el premio Cum Laude, el más importante de la época, según recordó Juan Jacobo Muñoz, presidente de la Academia Nacional de Medicina, durante el discurso de despedida de Pantoja.
Trabajó con el médico Juan N. Corpas en su consulta privada. En 1944 fue nombrado por su amigo, el presidente Alfonso López Pumarejo, director del Instituto de Radium, hoy Instituto Nacional de Cancerología. Profesor de la Universidad Nacional, desarrolló las técnicas para la cirugía radical para el cáncer.